สำหรับช่องทางในการเดินทางเข้ามาในประเทศนั้น ได้กำหนดไว้ 4 ช่องทาง วันละ 300 คน คือ ด่านพรมแดนวังประจัน ตำบลวังประจัน อำเภอควนโดน จังหวัดสตูล รับวันละ 50 คน ด่านพรมแดนสะเดา ตำบลสำนักขาม อำเภอสะเดา จังหวัดสงขลา วันละ 100 คน ด่านพรมแดนเบตง ตำบลเบตง อำเภอเบตง จังหวัดยะลา วันละ 50 คน และด่านพรมแดน สุไหงโก-ลก อำสุไหงโกลก จังหวัดนราธิวาส รับวันละ 100 คน เพื่อให้บุคลากรทางการแพทย์ในพื้นที่ สามารถมือกับบุคคลจำนวนดังกล่าวได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทั้งนี้จังหวัดชายแดนภาคใต้ ทั้ง 5 จังหวัด ได้จัดเตรียมสถานที่ในการกักตัวคนไทยที่จะเดินทางกลับในวันที่ 18 เมษายนนี้ จำนวน 52 จุด
ในการนี้ ศอ.บต. ได้ประสานไปยังชมรมผู้ประกอบการต้มยำกุ้ง สมาคมนักธุรกิจมุสลิมไทยในประเทศมาเลเซียเพื่อสื่อสารไปยังคนไทยที่ยังเหลืออยู่ ให้ยืดระยะเวลาอยู่ในประเทศมาเลเซีย จะดีที่สุดกับทุกฝ่าย อีกทั้งทางกงสุลไทยในประเทศมาเลเซียก็ให้การช่วยเหลือ มอบปัจจัย เพื่อดำรงชีพในเบื้องต้นแล้ว
